Jest absolwentem Akademii Muzycznej im. Stanisława Moniuszki w Gdańsku w klasie klarnetu prof. Bogdana Ocieszaka (dyplom z wyróżnieniem). Brał udział w wielu kursach mistrzowskich prowadzonych przez takie osobowości jak: Andrew Marriner, Wolfgang Meyer, Jean-Marc Fessard, Walter Vitek, Mieczysław Stachura, Brenno Ambrosini, Joseph Fuster, Nicolas Baldeyrou, Florent Héau, Antonio Saiote, Alessandro Travaglini.
W latach 2002-2003 studiował w klasie mistrzowskiej Joan Enric Lluna pod egidą hiszpańskiego Conservatori Superior De Musica w Castello.
W jego dorobku znajduje się szereg nagród i wyróżnień uzyskanych w konkursach zarówno w Polsce, jak i za granicą. Był dwukrotnym stypendystą Ministra Kultury oraz Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego za wybitne osiągnięcia artystyczne.
Jako solista i kameralista koncertował w krajach Ameryki północnej, Afryki i Azji oraz w większości krajów Europy.
W 2016 r. nakładem wytwórni płytowej DUX ukazał się pierwszy solowy album artysty A Tribute to Benny Goodman, zawierający pierwsze polskie nagranie Concerto for clarinet and string orchestra Aarona Coplanda oraz kompozycji dedykowanych artyście: Clarinet Concerto Beniamina Baczewskiego i Suity From the cursed forest Artura Guzy.
W grudniu 2017 r. uzyskał tytuł doktora habilitowanego nauk muzycznych. Obecnie jest profesorem klasy klarnetu i kameralistyki w Akademii Muzycznej im. S. Moniuszki w Gdańsku.
Solista klarnecista Polskiej Filharmonii Bałtyckiej im. F. Chopina w Gdańsku. Stale współpracuje z Polską Filharmonią Kameralną Sopot, z którą pod batutą Wojciecha Rajskiego nagrał Concerto per clarinetto Krzysztofa Pendereckiego. Album zawierający również premierowe nagranie Symfonii pieśni chińskich został wydany w lutym 2020 roku przez wytwórnie CD Accord/Universal Music Polska/ NAXOS. Jest to ostatnia płyta CD wydana za życia Maestro Krzysztofa Pendereckiego.
Andrzej Wojciechowski prowadzi niezwykle ożywione życie artystyczne. Jest członkiem Polskiego Zespołu Basethornowego, współtworzy również Gdańskie Trio Stroikowe oraz Baltic Trio (trio fortepianowe). Leader okołojazzowej formacji Baltic Quasideon Group, zgromadzonego wokół prowadzonej przez niego agencji artystycznej Baltic Gramophone. Jest jednym z dyrektorów artystycznych Międzynarodowego Festiwalu Gdańskie Dni Klarnetu.
